熒光-PCR法是通過(guò)熒光染料或熒光標記的特異性探針,對PCR產(chǎn)物進(jìn)行標記跟蹤,實(shí)時(shí)在線(xiàn)監控反應過(guò)程。PCR擴增時(shí)加入一對引物和一個(gè)特異性的熒光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標記一個(gè)報告熒光基團和一個(gè)淬滅熒光基團。探針完整時(shí),淬滅基團抑制報告基團的熒光發(fā)射。剛開(kāi)始時(shí),探針結合在DNA任意一條單鏈上,PCR擴增時(shí),Taq酶的5’端-3’端外切酶活性將探針酶切降解,報告基團與淬滅基團發(fā)生分離,抑制作用被解除,從而熒光監測系統可接收到熒光信號。隨著(zhù)PCR反應的進(jìn)行,反應產(chǎn)物不斷累積,熒光信號強度也等比例增加。每經(jīng)過(guò)一個(gè)循環(huán),收集一次熒光強度信號,這樣就可以通過(guò)熒光強度變化監測產(chǎn)物量的變化,結合相應的軟件對產(chǎn)物進(jìn)行分析進(jìn)而得到一條熒光擴增曲線(xiàn)。熒光擴增曲線(xiàn)分熒光背景信號階段、熒光信號指數擴增階段和平臺期三個(gè)階段。指數期的PCR產(chǎn)物量的對數值與起始模板量之間存在線(xiàn)性關(guān)系,因此我們選擇在這個(gè)階段進(jìn)行定量分析,計算出待測樣品初始模版的量。
熒光-PCR法的理論依據是什么?
特定的待擴增基因片段起始含量越大,則指數擴增過(guò)程越短,當擴增速率趨于穩定后,則無(wú)論原來(lái)樣品中起始模板含量多少,終擴增片段的含量通常是一樣的。理想的擴增結果:Y=X×2n;其中:Y代表擴增產(chǎn)物量,X代表PCR反應體中的原始模板數,n為擴增次數;理論上PCR擴增效率為100,PCR產(chǎn)物隨著(zhù)循環(huán)的進(jìn)行成指數增長(cháng),但實(shí)際上DNA的每一次復制都不*,即每一次擴增中,模板不是呈2的倍增長(cháng);實(shí)際應為:Y=X(1+E)n,其中:E代表擴增效率,E=參與復制的模板/總模板,通常E≤1,E在整個(gè)PCR擴增過(guò)程中不是固定不變的。通常X在1-105拷貝、循環(huán)次數n≤30時(shí),E相對穩定,原始模板以相對固定的指數形式增加,適合定量分析,這也就是所謂的指數期;隨著(zhù)循環(huán)次數n的增加(>30次),E值逐漸減少,Y呈非固定的指數形式增加,后進(jìn)入平臺期。